Nach der Kritik durch die Finanzkontrolle richtet nun auch die Finanzdelegation des National- und Ständerats ihren Fokus auf die Flugsicherungsorganisation Skyguide. Sie moniert anhaltende Probleme wie technische Vorfälle, Fachkräftemangel sowie Verzögerungen in der Digitalisierung. Die Eidgenössische Finanzkontrolle hatte zuvor im Mai ihre Besorgnis geäußert und festgestellt, dass die finanzielle Lage von Skyguide «sehr besorgniserregend» sei. Sie bemängelte zudem das Fehlen eines umfassenden Prozesses zur Zielerreichung sowie eine noch zu fragmentierte Vorgehensweise.
Im jüngsten Jahresbericht 2025 der Finanzdelegation wird konstatiert, dass Skyguide zwar Kostenreduzierungs- und Effizienzsteigerungsmaßnahmen eingeleitet hat. Dennoch bestehe ab dem Jahr 2030 das Risiko einer strukturellen Unterfinanzierung. Daraufhin fordert die Finanzdelegation das Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation sowie die Eidgenössische Finanzverwaltung dazu auf, geplante finanzielle Maßnahmen zu konkretisieren und sicherzustellen, dass Skyguide seine Bemühungen zur Erhöhung der Kosteneffizienz intensiviert. Dabei soll die Last nicht auf den Bund abgewälzt werden; vielmehr sollen die Nutzer in die Pflicht genommen werden.
Zusätzlich erwartet die Finanzdelegation, dass Skyguide das während der Corona-Pandemie gewährte Bundesdarlehen von 250 Millionen Franken bis 2030 fristgerecht zurückzahlt. Trotz anfänglicher Schwierigkeiten und eines Verlustes von 18,9 Millionen im Vorjahr konnte Skyguide für 2025 einen konsolidierten Gewinn von 55,2 Millionen verzeichnen. Bereits wurden 41 Millionen des Covid-Darlehens zurückgezahlt, womit insgesamt 86 der anfänglichen 250 Millionen beglichen sind.
Ein weiteres Problem stellt die Gebührenstruktur dar: Skyguide finanziert sich über hohe Gebühreneinnahmen von Fluggesellschaften, die zu den teuersten in Europa zählen. Dies führte dazu, dass die EU-Kommission den Leistungsplan der Schweiz mehrfach zurückwies, da Skyguide seine Gebühren seit 2019 um 50 Prozent erhöhte, während der Verkehr nur um 11 Prozent anstieg. Nach Anpassungen befindet sich nun ein neuer Gebührenantrag bei der EU-Kommission zur Prüfung.